São Francisco nasceu em 1181/1182 em Assis na Itália, foi batizado com o nome de Giovanni di Pietri, mas seu nome foi mudado pouco tempo depois para Francisco, pois seu pai Petri di Bernardone era comerciante e viajava muito a França, mudou o nome do filho em homenagem ao local que fazia bons negócios.
Em 1198 acontece um conflito em Assis, entre a nobreza e os comerciantes. Os nobres se refugiam em Perusa uma pequena cidade próxima de Assis, onde São Francisco ficou preso por um ano até o ano de 1204. Em Perusa também estava a família de Clara.
Ao voltar para Assis, São Francisco doente começa sua conversão gradual, se dedica a dar esmolas e oferece até suas roupas aos pobres, tem visões e começa a desprezar o dinheiro e as coisas mundanas. Até que ele se encontra com um leproso, lhe dá esmola e um beijo, e este acontecimento marcou tanto a vida dele que, dos muitos fatos ocorridos em sua vida, este foi o primeiro que entrou em seu Testamento, "pois o que antes era amargo se converteu em doçura da alma e do corpo".
Outros encontros afirmaram ainda mais a vocação de São Francisco, nas ruínas da da igraja São Damião recebeu do crucificado o mandato de restaurar a Igreja. Obediente ao mandato, São Francisco pôs-se logo a trabalhar. Reconstruiu três pequenas igrejas abandonadas: a de São Damião, a de Santa Maria dos Anjos e a de São Pedro.
Seu pai, envergonhado do novo gênero de vida adotado por Francisco, queixou-se ao bispo de Assis da prodigalidade do filho e, diante do prelado, pediu a Francisco que lhe devolvesse o dinheiro gasto com os pobres. A resposta foi a renúncia à vultosa herança: despindo, ali, suas vestes, Francisco exclamou: "... doravante não direi mais pai Bernardone, mas Pai nosso que estás no céu..."
A partir desse momento passa a viver na pobreza, e inicia a ordem franciscana, cresce o número de companheiros, 1209 já são 12. Cria uma regra muito breve e singela, que o papa Inocêncio III aprova em 1210, e cujas diretrizes principais eram pobreza e humildade, surge assim a Fraternidade dos Irmãos Menores, a Primeira Ordem.
No Domingo de Ramos de 1212, uma nobre senhora, chamada Clara de Favarone, foi procurar Francisco para abraçar a vida de pobreza. Alguns dias depois, Inês, sua irmã, segue-lhe o caminho. Surge a Fraternidade das Pobres Damas, a Segunda Ordem. Aqueles que eram casados ou tinham suas ocupações no mundo e não podiam ser frades ou irmãs religiosas, mas queriam seguir os ideais de Francisco, não ficaram na mão: por volta de 1220, Francisco deu início à Ordem Terceira Secular para homens e mulheres, casados ou não, que continuavam em suas atividades na sociedade, vivendo o Evangelho.
A Ordem Francisca cresceu com o passar dos anos. Em 1219 houve uma grande expansão para a Alemanha, Hungria, Espanha, Marrocos e França. Neste mesmo ano São Francisco vai em missão para o Oriente. Durante sua ausência, vigários modificam algumas regras da Ordem e no mesmo ano de 1219 São Francisco se demite da direção da Ordem.
Com o crescimento da Ordem, quase 5.000 frades em 1221, uma nova regra foi escrita por São Francisco em 29 de novembro de 1223 que foi aprovada pelo papa Honório. É a que vigora até hoje.
Em 1224 no dia 17 de setembro São Francisco recebeu as chagas de Jesus crucificado em seu próprio corpo, este fato ocorreu no Monte Alverne, um dos eremitérios dos frades.
Os últimos escritos de São Francisco são entre 1225 e 1226, dentre eles o Cântico das Criaturas e o Testamento. Nestes mesmos dois anos, Francisco vai a vários lugares da Itália para tratar de suas vistas. Passa por diversas cirurgias. Morre aos 03 de outubro de 1226, num sábado.
Morreu nu aquele que começou a vida de conversão nu na praça de Assis diante do bispo, do pai e amigos. Morreu ouvindo o Evangelho de João, onde se narra a Páscoa do Senhor, aquele que recebeu os primeiros companheiros após ouvir o Evangelho do envio dos apóstolos. Foi sepultado no dia 04 de outubro de 1226, Domingo, na Igreja de São Jorge, na cidade de Assis.
São Francisco de Assis foi canonizado em 1228 por Gregório IX e seu dia é comemorado em 04 de outubro.
Em 25 de maio de 1230 os ossos de São Francisco foram levados da Igreja de São Jorge para a nova Basílica construída para ele, a Basílica de São Francisco, hoje aos cuidados dos Frades Menores Conventuais.